LEGO Marvel Super Heroes propose un scénario original dans lequel se retrouvent tous les héros de l’univers Marvel. Les joueurs pourront incarner Iron Man, Spider-Man, Hulk, Captain America, Wolverine et bien d’autres personnages Marvel, unis pour empêcher Loki et toute une horde de vilains Marvel d’assembler une super-arme capable de détruire le monde. Les joueurs devront se lancer à la recherche de briques cosmiques en parcourant LEGO Manhattan et d’autres lieux célèbres de l’univers Marvel, tels que la Tour Stark, l’Astéroïde M, la base de l’Hydra et le Manoir du Professeur Xavier.