De nombreuses terribles années ont passé depuis que les dieux ont abandonné le monde et que les titans ont surgi des confins de leurs prisons. Ils ont tout dévasté sur leur passage avec une force irrépressible.

Cependant, il existe un lieu à la pointe sud de l'Ancien Empire qui semble encore épargné par les griffes des titans : la « Forteresse de cristal » de Caldera. Il s'agit du quartier général de l'Inquisition et d'un refuge pour les habitants. Ce lieu fait l'objet de nombreuses attaques de monstres marins. Les navires de ravitaillement sont coulés en chemin. Personne ne sait combien de temps les murs tiendront. Les vivres et les armes viennent peu à peu à manquer.

Le héros sans nom, anéanti par les événements de Faranga, noie aujourd'hui son chagrin dans le rhum dans la ville portuaire de Caldera. Alors que la situation se détériore peu à peu du fait du manque de nourriture, il décide de partir en mission afin d'éradiquer une fois pour toutes les monstres marins.

Durant son périple, il doit affronter de nouveaux défis colossaux. Il retrouve également de vieilles connaissances qui l'aident dans sa quête.