Deponia raconte l’histoire de Rufus, un inventeur raté vivant sur la planète-poubelle Deponia. L’anti-héros est loin d’être un homme parfait : souvent de mauvaise humeur et convaincu de sa propre supériorité, il vit dans un petit village situé dans le secteur le plus éloigné de la planète couverte d’ordures. Il rêve d’une vie meilleure et de sortir de son trou à rats pour vivre dans les villes les plus aisées de la société qui flottent au dessus du sol pollué. 
Un jour, Goal, une femme au visage d’ange, tombe des sphères privilégiées du globe et atterrit pas loin de chez Rufus. Ce dernier saisi sa chance de grimper dans l’échelle sociale en ramenant d’où elle vient cette beauté inconsciente. C’est alors que Rufus découvre qu’il est le sosie parfait du fiancé de Goal. Ce qui n’était au début qu’un vague espoir d’intégrer la classe supérieure se transforme en un plan plus machiavélique. L’usurpation d’identité va alors rapidement se transformer en course folle pleine de rebondissements, de retournements et d’énigmes à résoudre.