Beyond Good & Evil 2 propulse les joueurs au cœur du Système 3, un système solaire de la Voie Lactée au centre de la colonisation et du commerce interstellaire au 24ème siècle. Alors que des entreprises privées exploitent des esclaves hybrides afin d’avoir la main mise sur les ressources, les colons du Système 3 combattent pour survivre et donner un sens à leur existence en portant les héritages de la Vieille Terre. Ainsi commence une nouvelle ère de la piraterie spatiale.