Dans Subject 13, le joueur incarne Franklin Fargo, un discret professeur de physique qui mène une vie solitaire et amère depuis le violent décès de sa fiancée Sophie. Suite à la chute de sa voiture dans un lac, il se réveille au cœur d’une installation scientifique souterraine abandonnée avec comme seul lien extérieur une voix qui le surnomme « Sujet 13 ». Son but : s’échapper de l’endroit où il est retenu et en apprendre davantage sur les raisons de son emprisonnement.