Ce deuxième volet de la saga Mysterious suit les aventures de Firis Mistlud et de sa sœur aînée Liane. Les sœurs Mistlud n'ont jamais connu autre chose dans toute leur vie que la ville isolée d'Ertona, où Firis utilise son pouvoir exceptionnel pour découvrir où extraire les cristaux. Ayant appris, après une rencontre fortuite, qu'un concours d'Alchimie allait avoir lieu, Firis décide de partir à l'aventure pour devenir Alchimiste diplômée et découvrir les mystères que la vie peut offrir ! Les joueurs feront l'expérience d'un vaste monde ouvert, avec des villes, des paysages et toutes sortes d'autres lieux, dont la taille est pratiquement dix fois supérieure à celui d'Atelier Sophie: The Alchemist of the Mysterious Book.