L’histoire de STAR OCEAN: Integrity and Faithlessness se déroule entre les évènements des deuxième et troisième épisodes de la série. A ce moment de l'histoire, la Fédération Pangalactique est proche de réaliser son but : la Paix et l’ordre dans toute la galaxie. Cependant, les braises du conflit rougissent de nouveau sur la planète de Faykreed qui se trouve à 6000 années-lumière de la terre. Une nouvelle histoire commence dans l’océan des étoiles.