Une nouvelle menace est apparue dans Ninjago, et son nom est Ronin. Avec l'aide de son armée de samouraïs obscurs, Ronin a volé la mémoire des ninjas en utilisant une arme ancestrale appelée le Glaive d'obsidienne. Les ninjas ont oublié comment utiliser leurs pouvoirs élémentaires, et c'est au joueur de les aider à trouver leurs armes d'obsidienne, retrouver la mémoire et récupérer leurs pouvoirs avant que Ronin ne mette son plan à exécution : déchaîner de puissantes forces maléfiques sur Ninjago.