Dans le Mode Mission, les joueurs feront face à une multitude de scénarios différents et à des opposants féroces qui combattent selon des règles spécifiques à chaque mission. Les joueurs recevront de nouveaux accessoires ainsi que des Hero Coins en combattant et en réussissant les challenges.

Le Hero Coin est une monnaie gratuite du jeu MY HERO ONE’S JUSTICE. Cette monnaie peut être utilisée pour customiser un personnage dans le Mode en Ligne, où les joueurs peuvent y former leur équipe de héros et de vilains et ainsi combattre contre les meilleurs joueurs venant du monde entier.